Najveća prijetnja za rijeku Savu su pregrađivanje rijeke zbog izgradnje hidroelektrana, pretjerano vađenje sedimenta, razvoj plovidbe te razvoj tzv. sive infrastrukture za obranu poplava. Pregrađivanjem rijeke sprječava se migracija vodenih organizama te transport sedimenta zbog čega se Sava ukopava u vlastito korito te se smanjuje razina podzemnih voda. Narušavanjem ekosustava iz njega nestaju prirodni pročišćivači - organizmi koji se hrane organskom tvari iz vode. Nastavi li se trend snižavanja podzemnih voda, još u većoj mjeri će doći do sušenja šuma i poljoprivrednih površina, a veoma su ugrožena i vodocrpilišta iz kojih grad Zagreb crpi pitku vodu te stabilnost zgrada u blizini rijeke.Na međunarodnoj razini, rijekom upravlja Međunarodna komisija za sliv rijeke Save temeljem
Plana upravljanja slivom rijeke Save. Sve države kojima Sava protječe oformile su više nacionalnih tijela koja upravljaju rijekom u svom djelokrugu djelatnosti i nadležnosti. Članovi Mreže SavaParks sudjelovali su i izradi publikacija poput Bijele knjige o Savi te Eko-master plana za balkanske rijeke koje daju preporuke za upravljanje rijekama na temelju najnovijih saznanja te nude rješenja za održivo gospodarenje rijekom na dobrobit ljudi i prirode. Bijela knjiga o Savi dostupna je na ovim mrežnim stranicama pod kategorijom publikacije, a Eko-master plan za balkanske rijeke izradili su RiverWatch iz Austrije i EuroNatur iz Njemačke te je dostupan na njihovim mrežnim stranicama ili na ovoj
poveznici.