Najveća pretnja za reku Savu su pregrađivanje reke zbog izgradnje hidroelektrana, preterano vađenje sedimenta, razvoj plovidbe i razvoj tzv. sive infrastrukture za odbranu od poplava. Pregrađivanjem reke sprečava se migracija vodenih organizama i transport sedimenta zbog čega se Sava ukopava u vlastito korito čime se smanjuje nivo podzemnih voda. Narušavanjem ekosistema iz njega nestaju prirodni prečišćivači - organizmi koji se hrane organskom materijom iz vode. Nastavi li se trend snižavanja podzemnih voda, još u većoj meri će doći do sušenja šuma i poljoprivrednih površina, a veoma su ugroženi i vodozahvati iz kojih grad Zagreb crpi pitku vodu i stabilnost zgrada u blizini reke.
Na međunarodnom nivou, rekom upravlja Međunarodna komisija za sliv reke Save na osnovu
Plana upravljanja slivom reke Save. Sve države, kroz koje Sava protiče, oformile su više nacionalnih tela koja upravljaju rekom u svom delokrugu delatnosti i nadležnosti.
Članovi Mreže SavaParks učestvovali su u izradi publikacija poput Bele knjige o Savi i Eko-master plana za balkanske reke koje daju preporuke za upravljanje rekama na osnovu najnovijih saznanja i nude rešenja za održivo upravljanje rekom na dobrobit ljudi i prirode. Bela knjiga o Savi dostupna je na ovim web stranicama pod kategorijom publikacije, a Eko-master plan za balkanske reke izradili su RiverWatch iz Austrije i EuroNatur iz Nemačke i dostupan je na njihovim web stranicama ili na ovom
linku.