Največje nevarnosti za Savo so zajezitve reke zaradi izgradnje hidroelektrarn, pretirano izkopavanje usedlin (peska), razvoj plovnih poti ter razvoj t. i. sive infrastrukture za protipoplavno zaščito. Zajezitve reke preprečujejo migracijo vodnih organizmov in transport usedlin, zato se Sava vkopava v lastno strugo in se raven podtalnice zmanjšuje. Zaradi poseganja v ekosistem iz njega izginjajo naravni čistilci – organizmi, ki se hranijo z organskimi snovmi v vodi. Če se bo trend nižanja ravni podtalnice nadaljeval, se bodo suše, ki prizadevajo gozdove in kmetijske površine, le še stopnjevale. Prav tako so močno ogrožena vodna zajetja, iz katerih mesto Zagreb črpa pitno vodo, in stabilnost stavb, zgrajenih v bližini reke.
Na mednarodni ravni reko upravlja Mednarodna komisija za savski bazen z namenom implementacije
Načrta upravljanja voda za Savski bazen. Vse države, skozi katere Sava teče, so ustanovile nacionalne organe, ki upravljajo z reko v obsegu svojih dejavnosti in pristojnosti.
Člani Mreže SavaParks so sodelovali pri izdelavi publikacij, kot sta Bela knjiga o Savi in Eco-masterplan za balkanske reke, ki na podlagi novih spoznanj dajejo priporočila o upravljanju rek ter ponujajo rešitve za trajnostno gospodarjenje z reko za dobrobit ljudi in narave. Bela knjiga o Savi je dostopna na teh spletnih straneh pod kategorijo publikacije. Eco-masterplan za balkanske reke sta izdali RiverWatch iz Avstrije in EuroNatur iz Nemčije. Dostopen je na njihovih spletnih straneh ali na tej
povezavi.