Podjela rijeke zbog izgradnje hidroelektrana, prekomjernog vađenja sedimenta, razvoja plovidbe i razvoja takozvane sive infrastrukture za odbranu od poplave najveće su prijetnje rijeci Savi. . Brane u rijeci sprečavaju migraciju vodenih organizama i transport sedimenta, zbog čega se događa usjecanje korita i razina podzemne vode smanjena je za nekoliko metara. Prekidajući vodeni ekosustav, prirodni pročišćivači - organizmi koji se hrane organskom materijom - nestaju. Ako se trend smanjenja podzemnih voda nastavi, šume i poljoprivredna područja će se još više isušiti. Također će ozbiljno ugroziti bunare iz kojih grad Zagreb i druga naselja dobivaju pitku vodu. A da ne spominjemo stabilnost zgrada u blizini rijeke, koja bi bila jako narušena.
Na međunarodnom nivou upravljanje rijekom Savom zasniva se na
Planu upravljanja slivom rijeke Save koji provodi Međunarodna komisija za sliv rijeke Save. Sve države na Savskom toku formirale su nekoliko nacionalnih tijela koja upravljaju rijekom u okviru svojih aktivnosti i nadležnosti.
Članovi mreže SavaParks također su učestvovali u razvoju različitih publikacija poput Savske bijele knjige i Eko-master plana za rijeke Balkana, koje daju preporuke za upravljanje rijekama zasnovane na najnovijim saznanjima i nude rješenja za održivo upravljanje rijekama u korist ljudi i prirode. Bijela knjiga o Savi dostupna je na ovoj web stranici u kategoriji "Publikacije", a Eko-master plan za rijeke Balkana izradili su RiverWatch iz Austrije i EuroNatur iz Njemačke i dostupan je na njihovim web stranicama ili na ovom
linku.